Управление учреждением осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации, муниципальными правовыми актами города Иркутска, Уставом МАОУ Лицея ИГУ г. Иркутска и строится на основе принципов единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом Учреждения является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью Учреждения.
Коллегиальные органы управления МАОУ Лицей ИГУ г. Иркутска:
- Наблюдательный совет
- Общее собрание трудового коллектива МАОУ Лицей ИГУ г. Иркутска
- Совет Лицея ИГУ
- Педагогический совет
В МАОУ Лицей ИГУ г. Иркутска действуют на добровольной основе:
- Орган ученического самоуправления Совет Научного Лицейского Общества
- Родительский комитет
